+ - 0:00:00
Notes for current slide
Notes for next slide

INPUT - OUTPUT Workshop R & RStudio

Deel 2

R Markdown

Sven De Maeyer

22/04/2022

1 / 26

Overzicht

2 / 26

1. Wat is markdown?

3 / 26

Markdown

  • 'low end' tekst editor systeem

  • content maken die overheen verschillende systemen kan gelezen worden

  • voornamelijk om html bestanden te genereren

  • je schrijft tekst in 'plaintext' en je kan eenvoudige opmaak toevoegen

4 / 26

Basis syntax

5 / 26

Uitbreiding

extended lijst van commando's

extended lijst van commando's

6 / 26

Manueel tabellen maken

Handige tool: https://www.tablesgenerator.com/markdown_tables#

7 / 26

2. Het rmarkdown pakket

8 / 26

Mardown en R integreren

Bron: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/ (goed basiswerk)

9 / 26

Hoe het werkt...

10 / 26

rmarkdown & tinytex installeren

rmarkdown is een pakket dat je kan installeren, net als alle andere pakketten...

install.packages("rmarkdown", dependencies = T)



Wil je pdf files maken dan heb je een LaTeX installatie nodig

Redelijk makkelijk te installeren is TinyTex:

install.packages("tinytex")
tinytex::install_tinytex()

*TinyTex installeren duurt wel even. Doen we nu niet live...

11 / 26

Een vrij uitgebreide bron

https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/

12 / 26

3. Een basis rmarkdown file maken

13 / 26

Structuur van een rmarkdown file

YAML

Je narratief


Je tekst en toelichting bij je analyses +

Je code +

Je output en figuren

14 / 26

Een eerste html rapport maken

Startpunt: RIASEC data

Doel:

Een rapport in html maken waarin we de RAISEC data inlezen en enkele variabelen kort beschrijven (ook eerste stapjes van figuren maken)

Dit rapportje wordt bewaard in de map Output in het RIASEC_project


Tijd om samen in RStudio aan de slag te gaan ...


De volgende slides bevatten informatie over hoe we dit doen; handig als naslagwerk 😊
Er is op Dropbox ook een uitgewerkt voorbeeld van de .Rmd file beschikbaar: RIASEC_rapport1_FULL.Rmd en RIASEC_rapport1_FULL_tufte.Rmd in de map 'Voorbeelden'

15 / 26

File -> New File -> R Markdown ...

Via het menu een nieuwe R Markdown file aanmaken... (Stap 1)

16 / 26

Title ; Author ; Date

Stap 2: Geef een titel en auteur(s). We kiezen voor html file en klikken op Ok

17 / 26

Je krijgt een 'ingevuld' template

Tijd om aan de slag te gaan!

18 / 26

Code-chunk toevoegen










Of met een sneltoets combinatie...

Windows: ctrl + alt + i

Mac: option + command + i

19 / 26

Code-chunk uitvoeren

Tijdens het maken van je rapport kan je R-code uitvoeren door een 'code-chunk' te laten lopen.

Klik daartoe op het groen pijltje (rechts bovenaan de chunk).

LET OP!: Volgorde in de code chunks kan ervoor zorgen dat je foutmeldingen krijgt. Soms wil je alle code tot aan deze chunk eerst laten lopen om fouten te vermijden. Daartoe dient de knop naast het groen pijlte bovenaan de code chunk.

20 / 26

Code chunk opties

 ```{r, echo = FALSE, eval = FALSE}
1+1
```

  • include = FALSE om te vermijden dat de code zichtbaar is in de output. Ook de resultaten zijn niet zichtbaar. De code zal wel uitgevoerd worden en de resultaten zijn beschikbaar in de rest van het document.

  • echo = FALSE enkel de resultaten van de code wordt getoond, maar de code zelf niet. Handig om bijvoorbeeld figuren toe te voegen zonder de achterliggende code mee te geven.

  • message = FALSE weerhoudt het printen van berichten die gegenereerd worden door R bij het uitvoeren van de code.

  • warning = FALSE om te vermijden dat mogelijks gegenereerde warnings zouden verschijnen in het bestand.

  • fig.cap = "..." voegt een titel toe aan gegenereerde figuren.

Meer gedetailleerde informatie: https://yihui.org/knitr/options/

21 / 26

4. Enkele geavanceerdere voorbeelden

22 / 26

Het pakket rmdformats

Installeren via install.packages() en RStudio opnieuw installeren.

Daarna enkele mooie html templates beschikbaar via

File -> New File -> R Markdown ... -> From Template

Meer info: https://github.com/juba/rmdformats

23 / 26

Slides met Xaringan

Alle slides voor deze workshop zijn in R Markdown gemaakt (de .rmd files staan ook op Dropbox ter inspiratie!)

Pakket: Xaringan

24 / 26

Enkele andere interessante opties om te verkennen

  • papaja: om APA manuscripten te maken in R Markdown (via Latex)

  • rticles: verschillende templates voor verschillende tijdschriften

  • tufte: mooi template dat ook side-notes mogelijk maakt (zie hieronder) (https://rstudio.github.io/tufte/)

25 / 26

Op naar de handige dplyr verbs (zie Deel 3) en ggplot2 (zie Deel 4) om top grafieken te maken!!

26 / 26

Overzicht

2 / 26
Paused

Help

Keyboard shortcuts

↑, ←, Pg Up, k Go to previous slide
↓, →, Pg Dn, Space, j Go to next slide
Home Go to first slide
End Go to last slide
Number + Return Go to specific slide
b / m / f Toggle blackout / mirrored / fullscreen mode
c Clone slideshow
p Toggle presenter mode
t Restart the presentation timer
?, h Toggle this help
Esc Back to slideshow