INPUT - OUTPUT Workshop R & RStudio

class: title-slide, center, middle

<style>

.center2 {
  margin: 0;
  position: absolute;
  top: 50%;
  left: 50%;
  -ms-transform: translate(-50%, -50%);
  transform: translate(-50%, -50%);
}

.rcorners1 {
  margin: auto;
  border-radius: 25px;
  background: #ada500;
  padding: 10px;
#  width: 50%;
}
</style>

.remark-code, .remark-inline-code { font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;
                                    font-size: 90%;
                                  }

</style>

# INPUT - OUTPUT Workshop R & RStudio
.font160[
.SW-greenD[Deel 2]
]
.font120[
.SW-greenD[*R Markdown*]
]
Sven De Maeyer

.font80[
.UA-red[
22/04/2022
]
]

---
class: inverse-green, left

# Overzicht

.center2[
- Wat is markdown --- ([doorklikken](#part1))
- Het `rmarkdown` pakket --- ([doorklikken](#part2))
- Een basis rmarkdown file maken --- ([doorklikken](#part3))
- Enkele geavanceerdere voorbeelden --- ([doorklikken](#part4))

]

---
class: inverse-green, center, middle
name: part1

# 1. Wat is markdown?

---

## Markdown

- 'low end' tekst editor systeem

- content maken die overheen verschillende systemen kan gelezen worden

- voornamelijk om html bestanden te genereren

- je schrijft tekst in 'plaintext' en je kan eenvoudige opmaak toevoegen

---

## Basis syntax

---

## Uitbreiding

<div class="figure">
<img src="markdown_extended.jpg" alt="extended lijst van commando's" width="55%" height="55%" />
<p class="caption">extended lijst van commando's</p>
</div>

---

## Manueel tabellen maken
Handige tool: https://www.tablesgenerator.com/markdown_tables#

---
class: inverse-green, center, middle
name: part2

# 2. Het `rmarkdown` pakket

---
## Mardown en R integreren

.center2[
<img src="rmarkdown_cookbook.jpg" width="80%" height="80%" />
]

.footnote[Bron: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/ (goed basiswerk)]
---

## Hoe het werkt...

.center2[
<img src="rmarkdown_process.jpg" width="90%" height="90%" />
]

---
## .UA-red[`rmarkdown`] & .UA-red[`tinytex`] installeren

`rmarkdown` is een pakket dat je kan installeren, net als alle andere pakketten...

```r
install.packages("rmarkdown", dependencies = T)
```

Wil je .SW-greenD[**pdf**] files maken dan heb je een `LaTeX` installatie nodig

Redelijk makkelijk te installeren is `TinyTex`:

```r
install.packages("tinytex")
tinytex::install_tinytex()
```

.footnote[*`TinyTex` installeren duurt wel even. Doen we nu niet live... ]

---

## Een vrij uitgebreide bron

https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/

---
class: inverse-green, center, middle
name: part3

# 3. Een basis rmarkdown file maken

---
## Structuur van een rmarkdown file

.pull-left[
.SW-greenD[
YAML
]

]

.pull-right[
.SW-greenD[
Je narratief
]
<br>
Je tekst en toelichting bij je analyses +

Je code +

Je output en figuren
]
---
## Een eerste html rapport maken

Startpunt: RIASEC data

Doel:

> Een rapport in `html` maken waarin we de RAISEC data inlezen en enkele variabelen kort beschrijven (ook eerste stapjes van figuren maken)   <br> <br>
Dit rapportje wordt bewaard in de map .SW-greenD[`Output`] in het .SW-greenD[`RIASEC_project`]

<br>
.rcorners1[.Large[
<i class="fas fa-code" style="color: #FF0035;"></i> .white[*Tijd om samen in `RStudio` aan de slag te gaan ...*]
]
<br> 
.footnotesize[.white[   *De volgende slides bevatten informatie over hoe we dit doen; handig als naslagwerk* 😊 <br> Er is op Dropbox ook een uitgewerkt voorbeeld van de .Rmd file beschikbaar: `RIASEC_rapport1_FULL.Rmd` en `RIASEC_rapport1_FULL_tufte.Rmd` in de map 'Voorbeelden'<br>
]]
]
---
## File -> New File -> R Markdown ...

Via het menu een nieuwe R Markdown file aanmaken... (Stap 1)

---

## Title ; Author ; Date
.pull-left[
Stap 2: Geef een titel en auteur(s). We kiezen voor .SW-greenD[`html`] file en klikken op .SW-greenD[`Ok`]]

.pull-right[
<img src="New_rmarkdown_file2.jpg" width="100%" height="100%" />
]

---
## Je krijgt een 'ingevuld' template

Tijd om aan de slag te gaan!

---
## Code-chunk toevoegen

.pull-left[
<img src="rmarkdown_add_code_chunk.jpg" width="80%" height="80%" />
]

.pull-right[
<img src="rmarkdown_add_code_chunk2.jpg" width="80%" height="80%" />
]

.center2[
<br>
<br>
<br>
  <p style=" text-align:center;">
  .Large[<i class="fas fa-arrow-circle-right" style="color: #FF0035;"></i>] 
  </p>
<br> <br> <br> <br> <br> <br>
Of met een sneltoets combinatie...

Windows: .UA-red[ `ctrl + alt + i`]

Mac: .UA-red[`option + command + i`]
]

---
## Code-chunk uitvoeren

.pull-left[
Tijdens het maken van je rapport kan je R-code uitvoeren door een 'code-chunk' te laten lopen.

Klik daartoe op het groen pijltje (rechts bovenaan de chunk).

.UA-red[**LET OP!**]: Volgorde in de code chunks kan ervoor zorgen dat je foutmeldingen krijgt. Soms wil je alle code tot aan deze chunk eerst laten lopen om fouten te vermijden. Daartoe dient de knop naast het groen pijlte bovenaan de code chunk.
]

.pull-right[
<img src="rmarkdown_run_code_chunk.jpg" width="100%" height="100%" />
]
---
## Code chunk opties

````
 ```{r, echo = FALSE, eval = FALSE}
1+1
```
````

- `include = FALSE`  om te vermijden dat de code zichtbaar is in de output. Ook de resultaten zijn niet zichtbaar. De code zal wel uitgevoerd worden en de resultaten zijn beschikbaar in de rest van het document.

- `echo = FALSE` enkel de resultaten van de code wordt getoond, maar de code zelf niet. Handig om bijvoorbeeld figuren toe te voegen zonder de achterliggende code mee te geven.

- `message = FALSE` weerhoudt het printen van berichten die gegenereerd worden door R bij het uitvoeren van de code.

- `warning = FALSE` om te vermijden dat mogelijks gegenereerde warnings zouden verschijnen in het bestand.

- `fig.cap = "..."` voegt een titel toe aan gegenereerde figuren.

Meer gedetailleerde informatie: https://yihui.org/knitr/options/

---
class: inverse-green, center, middle
name: part4

# 4. Enkele geavanceerdere voorbeelden
---

## Het pakket .UA-red[`rmdformats`]
Installeren via `install.packages()` en RStudio opnieuw installeren.

Daarna enkele mooie html templates beschikbaar via

File -> New File -> R Markdown ... -> From Template

Meer info: https://github.com/juba/rmdformats

.pull-left[
<img src="downcute1.png" width="50%" height="50%" /><img src="downcute_chaos.png" width="50%" height="50%" />
]

.pull-left[
<img src="robobook.png" width="50%" height="50%" /><img src="readthedown.png" width="50%" height="50%" />
]

---

## Slides met .UA-red[Xaringan]

Alle slides voor deze workshop zijn in R Markdown gemaakt (de .rmd files staan ook op Dropbox ter inspiratie!)

Pakket: .UA-red[`Xaringan`]

---

## Enkele andere interessante opties om te verkennen

- .UA-red[`papaja`]: om APA manuscripten te maken in R Markdown (via Latex)

- .UA-red[`rticles`]: verschillende templates voor verschillende tijdschriften

- .UA-red[`tufte`]: mooi template dat ook side-notes mogelijk maakt (zie hieronder) (https://rstudio.github.io/tufte/)

<img src="tufte.jpg" width="50%" height="50%" />
---
class: inverse-blue, center, middle

.Large[
Op naar de handige .UA-red[`dplyr` verbs (zie Deel 3)] en .UA-red[`ggplot2` (zie Deel 4)] om top grafieken te maken!!]